El SICAUS está conformado por la Asamblea Regional del Sistema y por el Consejo Director. La Asamblea Regional del Sistema está constituida por el Funcionario de cada universidad miembro de la Confederación que es responsable de la Extensión o Prestación de Servicios y/o Transferencia tecnológica, o es delegado por el Rector. El Consejo Director es el órgano ejecutivo del sistema, está integrado por cuatro miembros representantes de las universidades pertenecientes a cuatro países distintos, elegidos en asamblea regional más el Coordinador del Sistema.